Le hangar , en 1984, est inutile pour le trafic portuaire. Le tirant d'eau des cargos depuis 1926 a considérablement augmenté et la capacité de stockage du hangar 13 est insuffisante pour en tirer une quelconque rentabilité. Tout comme les autres hangars de la rive droite , il n'est plus utilisé à des fins portuaires.
Les grues sur les quais sont retirées pour être placées dans un autre endroit du port.

Le Port Autonome de Rouen laisse alors un tiers du hangar  à disposition des pompiers , pour leur permettre de stocker du vieux matériel et des véhicules dans l'attente de la création d'un musée des Pompiers à Montville.

En 1987, l'Association du Musée Maritime, Fluvial et Portuaire de Rouen obtient également l'autorisation d'y entreposer le matériel et les bateaux qu'elle a pu réunir depuis sa création en 1980.

Le hangars n° 13 en 1995.

Progressivement ce lieu d'entrepôt est transformé en Musée. Il ouvre définitivement ses portes en 1999.   Une partie est utilisé comme réserve pour les voiliers et de lieu de restauration.

En 1992, lors de l'arrivée de la péniche Pompon Rouge, un espace extérieur situé sur le quai Emile Duchemin (entre les hangars n°13 et n°14) est accordé à notre association. Après l'arrivée de l'automoteur Pompon Rouge, d'autres bateaux en fer ou en bois sont exposés.